ЗАТО располагаются либо на рубежах страны, служа своеобразным щитом и прикрывая их, либо во внутренних, укрытых от вражеских глаз, районах, застрахованных от неожиданного нападения противника. Участвующие в атомной программе города укрыты в глубинах территории; морские военные базы всегда располагаются по берегам морей, а принадлежащие ракетным частям стратегического назначения ЗАТО образуют защитный контур по всему периметру границ государства.

Можно выделить на территории России несколько пространственных групп ЗАТО:

— Кольская (включает 7 ЗАТО – баз Северного флота в Мурманской области;

— Центральная (состоит из 9 ЗАТО: четыре из них – в Московской области, два – в Тверской, и по одному образованию в Нижегородской, Пензенской и Владимирской областях; Эти ЗАТО ориентируются на связи с Москвой, используя ее научный потенциал и защищая ее от возможного нападения);

— Поволжская (располагает 4 ЗАТО: 3 из них – в Саратовской области и 1 – в Астраханской; имеют ракетную или химическую специализацию);

— Уральская (включает целых 11 ЗАТО, в Свердловской и Челябинской, Пермской и Оренбургской областях и в Башкирии, центры атомной промышленности);

— Сибирская (6 ЗАТО с преобладанием атомной промышленности, в Красноярском и Алтайском краях и Томской области);

— Дальневосточная (состоит из 4 ЗАТО: в Камчатской области и в Приморском крае, группа, обслуживающая Тихоокеанский флот, территориально разорванная Охотским и Японским морями).

Есть также и одиночные ЗАТО, находящиеся за пределами скоплений, Мирный и Углегорск, например.