Очень важная для ЗАТО проблема — экологическая. Сегодня вопрос о природоохранной деятельности человека и его отношении к экологической обстановке во всём мире стоит очень остро. Кто-то пытается не замечать существующих проблем этого направления и продолжает вести деятельность не только угрожающую, но и наносящую непоправимый вред окружающей среде. Но отрицать существование этих проблем нельзя.

Для ЗАТО эта тема имеет особенное значение. Как правило, производства, сосредоточенные в ЗАТО, — «грязные», и несоблюдение здесь техники безопасности и требуемого особого режима чревато серьёзными последствиями и загрязнениями: радиоактивным, химическим, биологическим или электромагнитным.

Для утилизации отходов и сохранения природоохранной деятельности на этих территориях требуются большие средства, а их и без того нехватка. По этой причине сворачивается контроль над состоянием окружающей природной среды, не происходит замена выработавшего ресурс оборудования. Ещё в советские времена чрезвычайные ситуации на секретных объектах в Северске и Озерске привели к экологическим катастрофам, которые затронули огромные территории.

Теперь, население окружающих ЗАТО районов прекрасно осведомлено о профиле предприятий, размещенных там, и добиться общественного спокойствия уже намного сложнее. Подливают масла в огонь и «зеленые» организации, требующие немедленного закрытия многочисленных потенциально опасных предприятий. Но проблема и в том, что необдуманный и неумелый вывод этих предприятий из эксплуатации может привести даже к более непредсказуемым экологическим потрясениям и последствиям