На 2001 финансовый год в рамках Инициативы по ядерным городам в бюджете США было выделено 26,6 млн. долл., в том числе 10 млн. долл. для содействия закрытию заводов по производству боеголовок «Авангард» и «Старт». Однако Конгресс США выделил 10 миллионов долларов на закрытие объектов по производству боеголовок в качестве помощи США в ликвидации ЗАТО, при условии, что Министерство энергетики завершит соглашение с российским правительством, согласно которому Россия согласится закрыть некоторые из своих объектов, занимающихся сборкой и разборкой оружия, в обмен на получение помощи.

Инициативы по предотвращению распространения

По состоянию на октябрь 2001 года это соглашение не было завершено. Согласно оценкам, основанным на информации Минатома, 10 миллионов долларов — это только одна десятая от суммы, необходимой для полного закрытия этих заводов и создания 10 000 рабочих мест гражданских лиц для рабочей силы, которая будет освобождена.  В мае 2001 года Главное бухгалтерское управление США опубликовало свой обзор деятельности. В отчете критикуется Министерство энергетики США за неадекватное управление программой, в частности за большую долю средств, потраченных на программы в Соединенных Штатах  и плохой процесс отбора и отбора проектов. Было рекомендовано объединить Инициативы по предотвращению распространения в одну программу, чтобы сократить расходы по программе и повысить административную эффективность. В конце администрации Клинтона Министерство энергетики США запросило на ликвидацию ЗАТО 30 миллионов долларов в 2002 финансовом году. Бюджет администрации Буша на 2002 финансовый год запросил только 6,6 миллиона долларов США, что на 75% меньше, чем в 2001 финансовом году.

Российские переходные инициативы

Однако Закон об ассигнованиях на развитие энергетики и воды на 2002 финансовый год, принятый Конгрессом США и подписанный президентом Бушем 12 ноября 2001 года, значительно увеличил объем финансирования по сравнению с первоначально запрошенной суммой. Акт объединял финансирование NCI и IPP в рамках бюджетной статьи «Российские переходные инициативы» и предусматривало 42 миллиона долларов для программ. Министерство энергетики США интегрировало управление обеими программами. Закон также дал DOE возможность распределять финансирование между двумя программами. «Российские переходные инициативы» получили дополнительные 15 миллионов долларов США в виде пакета дополнительных ассигнований на чрезвычайные ситуации после 11 сентября 2002 года. Суммарные ассигнования 2002 года на NCI составили 21 миллион долларов. В своем запросе на 2003 финансовый год МЭ запросило 39,334 млн. долл. для Инициатив переходного периода в России, в том числе 16,748 млн. долл. для помощи России.