Аналоги ЗАТО на Руси известны с древности. Города-крепости засечных черт, центры экспансии вновь присоединенных или колонизируемых земель, казачьи поселения были поселениями, с ярко выраженной оборонной направленностью и жертвовавшими торговлей и ремеслами ради безопасности страны, и посему субсидировались государством. Близкий к ЗАТО статус также был в XIX — начале ХХ веков у военных крепостей, таких как Кронштадт, Карс или Севастополь. Некоторые черты современных ЗАТО можно различить в аракчеевских военных поселениях (действовали в некоторых южных и западных губерниях России с начала до середины девятнадцатого века). Военные поселения были печально знамениты жестким репрессивно-палочным режимом, снискав себе в то время недобрую славу. Население, как военное, так и крестьянское считало за благо вырваться из этой неволи, но это отнюдь не многим удавалось.

Система ЗАТО в нашей стране сложилась в 30—50-е годы ХХ века. Ее принято ассоциировать с тоталитаризмом сталинского управления, рассматривая неразрывно от системы ГУЛАГа и репрессий. Однако признать этот подход правильным нельзя: поселения оборонного профиля различной степени закрытости существовали в России и ранее. Аналоги ЗАТО существуют и процветают и в других странах, считающихся образцом демократии. Взять к примеру ядерный полигон США штата Невада или французский центр испытания ядерного оружия в Полинезии на атолле Муруроа. Толчок для развития закрытых образований дала Вторая мировая война, а также сформировавшаяся после нее ядерная угроза безопасности. Именно поэтому большинство ЗАТО в России были созданы в период 1945-1960 годов.