Бетонный забор и колючая проволока искусственно изолированных от основного пространства участков страны не ограждают их от проблем «переходного периода» всего российского общества.

Главная из них — финансирование. Раньше, ЗАТО были привилегированными поселениями, компенсируя материальными выгодами неудобства проживания в них. Теперь необходимость в поддержании закрытых военных объектов отпала, таким образом, в нелегкое рыночное время они должны всплывать сами. Но ведь производства ЗАТО, так специфичны и капиталоемки, что просто не способны быть конкурентоспособными. Единственный выход для сохранения здесь производственного, человеческого и научного потенциала — государственные дотации.

Вторая проблема — занятость. Закрытые поселения по определению монофункциональны и полностью подчиняются градообразующему предприятию. Спад производства вместе с сокращением объемов выпуска вооружений, стали причиной того, что многие жители лишились привычной работы, а бизнес или торговля в городах за колючей проволокой, с ограничениями на связь с внешним миром, затруднителен.

Третья проблема – баланс открытости и безопасности. За многие годы изолированной жизни в каждом закрытом поселении сформировался свой микроклимат. Люди успешно приспособились к специфической среде секретных производств, привыкли воспринимать такие «тепличные» условия как должное. Поэтому жители были сильно обеспокоены смягчением и отменой режима ЗАТО, опасались потока криминала, боялись террористов. Хотя, в каждом ЗАТО есть и люди, ратующие за более тесные взаимоотношения с внешним миром, в основном это молодежь.