Названия поселений ЗАТО могут рассказать об их расположении. Например, поселок Сибирский находится в Сибири, город Новоуральск – на Урале. Но прежние наименования были более информативны, так как в них использовались названия ближнего города с добавлением цифрового индекса его почтового отделения. Такие названия указывали четкую привязку к окрестностям незакрытого города или поселка, например Арзамас-16, Пенза-19, Челябинск-65, и это упрощало примерное определение местоположения ЗАТО. Большинство ныне принятых официальных названий вроде Горного, Лесного, Зеленогорска, Молодежного, Заречного, безлики и могут соответствовать почти любому поселению. В связи с этим в «архипелаге ЗАТО» появилось несколько похожих названий: Озерный и Озерск, Межгорье и Трехгорный, Снежинск и Снежногорск. Есть и полные «тезки» — поселки Солнечный в Красноярском крае и в Тверской области. Путаницу вносят также и одноименные ЗАТО открытые поселения. Например Краснознаменск в Калининградской области одноименный бывшему Голицыно-2, Зеленогорск – бывшему Красноярску-45, тезкой якутского алмазодобытчика является Мирный (космодром Плесецк), а центр нефтедобычи в Ханты-Мансийском автономном округе – однофамилец Радужного (Владимир-30) и т. д.

А «родственники» таких ЗАТО, как Кедровый, Горный, Свободный, Первомайский, исчисляются десятками. Не исключено, что военные специально используют такие неопределенные названия, чтобы добиться максимальной маскировки и не давать наводку на конкретные объекты.

Есть и удачные названия среди ЗАТО: Большой Камень, Саров, Вилючинск, Вулканный, Шиханы, Североморск.