ЗАТО находятся на особом положении не только из-за секретности, но и по причине финансирования. Дело в том, что изначально финансирование таких городов осуществлялось исключительно федеральным центром. Поэтому в определенных кругах ходят разговоры о том, что ЗАТО – это свободная зона для бесконтрольного отмывания денег. 
Изначально ЗАТО получали дополнительное финансирование, а их налоговое бремя было облегчено. Таким образом, органы власти стремились простимулировать работу нерентабельных оборонных и наукоемких предприятий ЗАТО, спасая их от неминуемой гибели.
В 90е годы положение ухудшилось настолько, что работникам бюджетной сферы стали задерживать зарплаты на длительный промежуток времени. До этого подобного не происходило, ведь финансирование ЗАТО всегда было очень высоким. Государство должно было градообразующим предприятиям очень много средств вследствие выполненных и неоплаченных оборонных заказов. Но денег у государства не было. Поэтому правительство решило пойти на радикальные меры – ослабить налоговое бремя предприятий ЗАТО, чтобы те смогли обеспечивать себя самостоятельно, продавая продукцию и услуги другим предприятиям. Это должно было сделать такие предприятия более конкурентоспособными. Уже через пару лет стало ясно, что эти меры никак не помогли предприятиям, потери федерального бюджета росли. Вместе с тем частные фирмы на территории ЗАТО росли словно грибы. Казалось бы, они должны были оживить экономику закрытых образований. Но этого не произошло по одной простой причине – абсолютное большинство таких фирм находилось на территории ЗАТО лишь официально. На самом деле они развивали свою деятельность далеко за пределами этих городов, а место регистрации использовали как способ снизить налоги. Использовали эту ситуацию и администрации некоторых закрытых городов. Они привлекали в свой город огромное количество компаний, обещая им определенные льготы. Налоги от деятельности этих фирм шли в бюджет ЗАТО. А вот федеральный бюджет и бюджеты субъектов РФ за счет таких махинаций уменьшались год от года.
В итоге в 2000 году был принят новый план бюджета, в котором ЗАТО значительно урезаны в правах. Льготы по налогам оставили только предприятиям, которые осуществляют свою деятельность только на территориях ЗАТО. Дефицит бюджета закрытых городов покрывается из федерального бюджета. Эти средства идут, как правило, на защиту окружающей среды, страдающей от воздействия градообразующих предприятий.